首先，严格界定二次开发范畴。

    由于信息化项目的复杂性，很多信息化项目的二次开发需求往往是在项目的实施过程中产生的，如果甲、乙双方在签订商务合同时，没有对“二次开发”的范畴进行严格的定义，则在实施的过程中可能会产生不必要的纠纷。一种是甲方强势，乙方必须无条件满足甲方提出的业务范畴之内的所有需求，于是乙方忙于应付甲方不断提出的需求（有的甚至是枝端末节的需求），最终的结果是乙方无利可图，同甲方打起了“持久战”；另一种是乙方强势，凡是我现有版本软件不能满足要求的均属于二次开发，费用当然是另行计算，最终甲方不堪重负，只得委曲求全，降低系统要求。

    因此在商务合同签订时界定清楚“二次开发”的相关条款是非常有必要的，是从法律的角度对双方进行保护。在确定好二次开发范畴的同时，还需在商务合同中明确相关的违约条款，以便在实施过程中发生分歧时有据可查。

其次，规范二次开发需求分析。

    要科学的管理好“二次开发”项目，就必须从“源头”进行控制，即规范二次开发的需求分析。

　　在甲方提出二次开发需求后，乙方应本着认真负责的态度，对甲方所提的需要进行分析，判断是否需要进行开发，如果不属于二次开发的范畴，要有艺术性地做好甲方的说服工作；如果确定真的需要二次开发，则应该严格的按照软件工程的要求，同甲方一起界定清楚二次开发的范围及目标，在此基础上进行详细的、无二意性的功能描述、开发进度安排、质量体系保证、开发成本及所需资源等，其中二次开发系统如何实现同现有系统的紧密集成，并保证在今后的软件升级中得到良好的维护，都是必须认真考虑和明确的内容，最终确定的二次开发需求以《二次开发需求报告》的形式确定下来，该报告将作为阶段验收的重要文件。作为甲方应积极配合乙方的工作，一方面为乙方提供相应的支持，有必要的话甲方可派资深的业务人员对乙方的顾问进行业务上的培训，以便乙方迅速的掌握重点；另一方面应做好测试数据的收集及整理工作。

再次，加强开发过程控制。

    在二次开发需求确定后，作为二次开发的主体――乙方，一方面应严格按照项目管理的思路对开发程从进度、质量和成本上进行管理和控制；另一方面应按照软件工程的思路做好详细设计、代码开发、功能测试、集成测试等关键环节的工作，保证最终交付的产品是经得起用户的考验。同时，为了实现良好的客户关系，乙方应定期或不定期就项目的进展情况向甲方进行汇报，以便甲方掌握整个项目的进度（其中较为常见的做法是建立周报制度，表１为某公司二次开发项目周报的样例）。在强调项目进度管理的同时，必须加强质量管理工作，乙方应在开发的过程中加大测试环节的工作，通过功能测试、集成测试等，保证提交产品的最终质量。